Abordagens computacionais para a análise do transcriptoma do cancro por RNA-Seq

O RNA-Seq constitui uma plataforma ideal para estudar o conjunto completo de transcrições para uma determinada fase de desenvolvimento ou condição fisiológica. Revela não só alterações ao nível da expressão, mas também alterações estruturais nas sequências codificantes, incluindo rearranjos genéticos. Nesta dissertação, apresento as minhas contribuições para o desenvolvimento de ferramentas computacionais para a análise robusta e eficiente de dados de RNA-Seq para apoiar a investigação sobre o cancro. Para automatizar o laborioso e computacionalmente intensivo processo de gestão de dados de RNA-Seq, trabalhei no desenvolvimento do Hydra, um pipeline de RNA-Seq para o processamento paralelo e controlo de qualidade de um grande número de amostras. Em seguida, apresento o QueryFuse, um novo algoritmo de deteção de fusões específicas de genes para dados de RNA-Seq alinhados. Foi concebido para ajudar os biólogos a encontrar e/ou validar computacionalmente fusões de interesse rapidamente, e para anotar os eventos detectados com visualização e propriedades detalhadas das leituras de suporte. Finalmente, contribuí para a identificação de um novo evento de fusão no linfoma, com potenciais implicações terapêuticas em amostras clínicas. Validei esta fusão in silico e por validação experimental.