D veloppements En Phylog nomique

Cette thse prsente les dveloppements bioinformatiques ayant abouti la cration de 2 logiciels. Tout d'abord, nous plongerons dans l'infrence phylogntique, prsentant un tat de l'art du domaine puis en dtaillant l'implmentation de MetaPIGA 2, un logiciel qui permet d'infrer une phylognie via l'utilisation de mta-heuristiques. Quatre mta-heuristiques ont t adaptes pour cette problmatique : un hill climbing, un recuit simul, un algorithme gntique et l'algorithme gntique mta-populationnel. Ensuite, nous mettrons en avant une approche phylogntique pour la gnomique comparative, en dveloppant le logiciel MANTiS, qui permet d'explorer le contenu d'une slection de gnomes eucaryotes le long d'une phylognie. Nous y expliquerons comment les relations d'homologie sont identifies l'aide d'arbres phylogntiques, et comment nous pouvons suivre l'historique des vnements de duplication au cours de l'volution, dterminer quand un caractre a t gagn et perdu, reconstituer le contenu des gnomes ancestraux, et tudier l'volution fonctionnelle d'un gnome au cours du temps. Cet ouvrage s'adresse aussi bien qui s'intresse la biologie et/ou l'informatique.