Vers Une Mod lisation Plus R aliste Des Syst mes Biologiques

La plupart des fonctions nergie potentielle utilises pour simuler les systmes biologiques complexes ne traitent qu'implicitement la polarisation lectronique et ce, de faon trs incomplte. Bien qu'efficaces pour un large ventail d'applications, ces champs de force atteignent rapidement leurs limites ds lors que les effets de polarisation lectronique sont importants. Dans cette thse, j'ai dvelopp une approche base sur la mcanique quantique pour obtenir des paramtres d'un champ de force polarisable ayant pour composantes des charges, des polarisabilits distribues d'ordre zro et un (isotrope) et un potentiel de van der Waals dcrit par une fonction de Buckingham. L'nergie d'induction peut tre attnue par une fonction de Tang et Toennies pour dcrire l'nergie d'change-induction. Cette approche a t effectue avec succs pour l'interaction d'ions avec l'eau et le benzne mais aussi dans le cas d'un dimre d'eau. Une premire tude des rsultats en dynamique molculaire montre que les paramtres obtenus en phase gazeuse peuvent se transfrer pour les simulations en phase condense.