bokomslag Didacticiel de Reconstruction d'Arbres Phylog n tiques
Skönlitteratur

Didacticiel de Reconstruction d'Arbres Phylog n tiques

Chamontin-A

Pocket

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  • 108 sidor
  • 2018
L'environnement didactique ISee permet une initiation aux techniques et algorithmes de la bioinformatique, comme la recherche de régions codantes dans les génomes. Dans ce contexte, un nouveau module destiné à expliquer les principes de la reconstruction algorithmique d'arbres phylogénétiques a été conçu et développé en Java. Un arbre phylogénétique rend compte de l'émergence des espèces au cours du temps et fait ainsi apparaître leur relation de parenté : deux espèces sont d'autant plus proches qu'elles sont apparues à partir d'une espèce ancestrale commune récente. Le nouveau module présente UPGMA, l'une des méthodes de reconstruction d'arbres phylogénétiques à partir de séquences génomiques d'espèces actuelles. Pour expliquer la méthode de reconstruction, le module affiche la matrice des distances entre les espèces, puis la construction de l'arbre, pas à pas, et ce de manière interactive. Le module présente aussi les hypothèses de base sur lesquelles repose la méthode de construction et en démontre les limites, à savoir l'hypothèse de l'horloge moléculaire et l'hypothèse que les séquences sont proches. Pour cela il offre trois interfaces, en libre exploration et expérimentation.

  • Författare: Chamontin-A
  • Format: Pocket/Paperback
  • ISBN: 9783841783035
  • Språk: Franska
  • Antal sidor: 108
  • Utgivningsdatum: 2018-02-28
  • Förlag: Omniscriptum